Le travail effectué dans les CLIS doit être soutenu par l'action des établissements ou services sanitaires ou médico-éducatifs. Pour les élèves scolarisés dans ces classes, leur progression optimale ne peut être assurée par l'école seule mais implique qu'ils puissent bénéficier d'accompagnements éducatifs, rééducatifs ou thérapeutiques. La signature de conventions entre l'inspecteur d'académie, directeur des services départementaux de l'éducation nationale, et les responsables des établissements ou services concernés permet d'assurer des conditions de coopération plus efficaces. Toutefois, dans certains cas, les accompagnements nécessaires peuvent être effectués par des praticiens en exercice libéral, selon le choix de la famille de l'enfant.
Dans tous les cas où sont prévues des interventions de services de soins ou des services d'éducation spéciale et de soins à domicile (SESSAD), les modalités d'organisation des synthèses, définies en général dans le projet individuel d'intégration, doivent avoir été clairement précisées avec les partenaires et prises en compte dans le projet de la classe, de telle sorte que l'enseignant puisse assister à ces réunions. La participation indispensable de l'enseignant de CLIS, aux réunions de coordination et de synthèse, ne doit pas conduire à réduire le temps de scolarisation des élèves.